Igen, lehetséges, azaz egy Server Core vagy egy Hyper-V Server is lehet alanya a Hyper-V replikáció Azure felé történő kiterjesztésének, azaz az Azure Site Recovery-nek.
A megoldás teljes mértékben támogatott, a leírás az agent telepítéséhez itt található:
https://msdn.microsoft.com/en-us/library/azure/f10d3837-3e3a-4f75-8644-143e1a7c8916#BKMK_DeployCore
GT 
Épp a múlt héten szaladtam bele – egy teszt során – szépen működik a megoldás!